1. Član V/5.a) Ustava BiH

Tri rečenice člana V/5.a) Ustava BiH sadrže četiri različita zakonska uslova ili zabrane: 1) Svaki član Predsjedništva će vršiti funkciju civilnog zapovjednika oružanih snaga; 2) Nijedan entitet neće prijetiti silom, niti upotrebljavati silu protiv drugog entiteta; 3) Oružane snage jednog entiteta ne smiju ući, niti boraviti na teritoriji drugog entiteta bez saglasnosti njegove vlade i Predsjedništva Bosne i Hercegovine i 4) Sve oružane snage u Bosni i Hercegovini će funkcionisati u skladu sa suverenitetom i teritorijalnim integritetom Bosne i Hercegovine.

Različita gledišta entitetâ u vezi sa zapovjedništvom nad oružanima snagama na nivou države rezultirala su različitim tumačenjima prve rečenice člana V/5.a) Ustava BiH i neusklađenim pristupima u njenoj implementaciji. Sve funkcije civilnog zapovjedništva nad oružanim snagama FBiH su prenesene Ustavom FBiH na dva člana Predsjedništva Bosne i Hercegovine izabrana sa teritorije FBiH.²⁸⁵⁸ Komanda nad bošnjačkom komponentom u vojsci FBiH je eksplicitno data bošnjačkom članu Predsjedništva Bosne i Hercegovine, a komanda nad hrvatskom komponentom data je hrvatskom članu Predsjedništva Bosne i Hercegovine.²⁸⁵⁹

To da su u Federaciji dva člana Predsjedništva Bosne i Hercegovine vršila funkciju civilnog zapovjednika oružanih snaga takođe je dovelo do neobične situacije u kojoj je dio državne institucije obavljao funkciju zapovjednika vojske, čije je funkcionisanje, inače, u potpunosti bilo regulisano entitetskim zakonom²⁸⁶⁰ i kojom je, na dnevnoj osnovi, upravljalo Ministarstvo odbrane čiji je ministar bio dio entitetske vlade.

Nasuprot tome, Republika Srpska je usvojila stav da Vojska Republike Srpske pripada entitetu,²⁸⁶¹ te da sva komandna nadležnost leži na entitetskim istitucijama i da bi odredbe člana V/5.a) Ustava BiH bile provedive samo u slučaju vanjske prijetnje teritorijalnom integritetu Bosne i Hercegovine.

Ustavni sud BiH je nastojao da razjasni ovo pitanje u svojoj Djelimičnoj odluci broj IV u predmetu broj U 5/98.²⁸⁶² Između ostalog, ovaj predmet je uključivao i osporavanje nadležnosti entitetâ u pitanjima koja se odnose na odbranu. U svojoj odluci Ustavni sud BiH je konstatovao da Ustavom „nije predviđeno da postoje oružane snage Bosne i Hercegovine kao jedinstvena organizaciona struktura BiH, tj. nije predviđeno da je formiranje, organizacija, niti komandovanje jedinstvenim oružanim snagama nadležnost Bosne i Hercegovine”, i da “Ustav Bosne i Hercegovine jasno kaže da u Bosni i Hercegovini postoje oružane snage entitetâ”.²⁸⁶³

Nastojeći da opravda komandnu ulogu Predsjedništva Bosne i Hercegovine i njegovih članova, Ustavni sud BiH je usvojio stav da:

„[…] odluku o upotrebi oružanih snaga entitetâ [u slučaju opasnosti spolja] donosi član Predsjedništva iz tog entiteta, svakako uz saglasnost entitetskih vlasti, odnosno u dogovoru s njima, što je suština ove odredbe.2864 […] Međutim, činjenica da članovi Predsjedništva, u slučaju opasnosti spolja, vrše nadležnost civilne komande nad oružanim snagama entiteta iz kojih su izabrani, ne mijenja činjenicu da oružane snage ostaju i dalje oružane snage entitetâ i da se vrhovna komanda nad njima obezbjeđuje u entitetima, u skladu sa ustavima entitetâ.”2865

S obzirom na činjenicu da se dva člana Predsjedništva biraju sa teritorije Federacije, Ustavni sud je u svojoj odluci eksplicitno prihvatio postojanje dva odvojena lanca komande nad bošnjačkom i hrvatskom komponentom unutar Vojske Federacije. Takođe, u odluci nije priznato to da bi dvije odvojene entitetske vojske (pod tri različite komande), koje se odvojeno obučavaju, opremaju i koje se u vrijeme mira nalaze pod odvojenim komandama, bile nesposobne djelotvorno surađivati u odbrani teritorijalnog integriteta ili političke nezavisnosti Bosne i Hercegovine čak i kada bi za to postojala politička volja.

Čini se jasnim da je odluka Ustavnog suda BiH iz 2000. godine zasnovana na političkim realnostima u BiH isto toliko koliko su te iste realnosti uticale na prvobitni nacrt odredaba. Vojske entitetâ, odvojeno obučavane, opremljene i pod odvojenim komandama, jednostavno se ne mogu pomiriti sa ustavnom nadležnošću države da štiti svoj teritorijalni integritet i političku nezavisnost. Ipak, pravno priznanje ove nedosljednosti bi zahtijevalo suštinsko pomjeranje političke moći sa entiteta na Državu, za što se Ustavni sud BiH očigledno smatrao neovlaštenim.

Kao odgovor na skandal u vezi sa ilegalnim isporukama oružja Vojske RS, međunarodna zajednica je 2003. godine pokrenula proces reforme odbrane.

Odlukom Visokog predstavnika ustanovljena je komisija²⁸⁶⁶ čiji je mandat bio da na državnom nivou uspostavi civilnu komandu i kontrolu nad svim oružanim snagama u BiH. Ovaj proces je doveo do usvajanja državnog zakona o odbrani²⁸⁶⁷ i uspostavljanja novog ministarstva odbrane na državnom nivou²⁸⁶⁸ krajem 2003. godine. Oba entiteta su se 2005. godine složila da sve nadležnosti koje se odnose na odbranu prenesu na državu²⁸⁶⁹ i usvojen je novi zakon o službi u oružanim snagama,²⁸⁷⁰ čime su entitetske oružane snage spojene u nove Oružane snage Bosne i Hercegovine.

Učinak prenosa nadležnosti koje se odnose na odbranu sa entitetâ i ukidanje entitetskih vojski 2005. godine je bio takav da je član V/5.a) Ustava BiH postao gotovo potpuno pravno bespredmetan.²⁸⁷¹ Samo prva rečenica – „Svaki član Predsjedništva će, po službenoj dužnosti, vršiti funkciju civilnog zapovjednika oružanih snaga” – i dalje ima pravni učinak. Značenje pojma „funkcija civilnog zapovjednika” je sada jasno definisano u državnom zakonu i rasterećeno pozivanjima na entitetske oružane snage.