3. Operativna nezavisnost
Uslovljena zahtjevima i, u slučaju BiH, ograničenjima nametnutim internim aktima banke, Centralna banka bi trebalo da dobije jasnu operativnu nezavisnost. To je veoma važno za konzistentan i nepristrasan rad banke. Ta nezavisnost se treba jasno i nedvosmisleno odrediti zakonima o banci.
Član 3. Zakona o CBBiH zadovoljava ovaj uslov i ta operativna nezavisnost je veoma važna za uspješno uspostavljanje i razvoj CBBiH. Ali, operativna nezavisnost mora se implementirati i u praksi. To je bio problem u BiH. Ponekad je guverner Banke morao nepokolebljivo da brani nezavisnost CBBiH kako bi osigurao da se ona poštuje. Ovakav pristup je bio potreban i on je išao u dva pravca. Bilo je potrebno ubijediti političare da zakonom nije uređeno da CBBiH treba da slijedi neki politički pravac, niti to ona namjerava da uradi u praksi kada su u pitanju njene svakodnevne aktivnosti. U gotovo svim ovakvim slučajevima politički pritisci bi doživjeli poraz pozivanjem na Zakon o CBBiH, koji neke radnje nameće, a neke zabranjuje. Bez ovakvih jasnih zakonskih smjernica u ranom periodu uspostavljanja CBBiH bilo bi teško ili čak nemoguće prebroditi političke borbe ove vrste. Drugo, bilo je potrebno ubijediti osoblje CBBiH, koje je bilo naviklo da radi u potpuno drugačijem okruženju, da Banka ne treba i da neće tražiti mišljenje ministra prije nego što preduzme neke mjere. Poslije preduzimanja nekih svojih mjera Banka će ga samo obavijestiti o tome.
Nezavisnost CBBiH u odnosu na politiku je sada dobro učvršćena. Međunarodne institucije u BiH nastavljaju da Banku podupiru i ovaj trend će se nastaviti. Ona, takođe, ima i veliku podršku javnosti. Postoje zahtjevi da se CBBiH aktivnije uključi u razvojne ciljeve i ovakvi pozivi, koji se s vremena na vrijeme iznose, posmatraju se kao pokušaji političara da dobiju kontrolu nad politikom Banke. Do danas oni nisu uspjeli da dobiju širu podršku javnosti. Ustvari, češće je bilo suprotno.
Potrebno je da centralna banka ima finansijsku nezavisnost da bi dala sadržaj svojoj zakonskoj operativnoj nezavisnosti. Prema Zakonu o CBBiH, Centralna banka BiH je imala nezavisnost. Ona nije bila dio državnog budžetskog procesa, ona je imala jake izvore prihoda i samo je plaćala dividendu državnom budžetu kada je njen kapital dostigao određeni nivo (10% od njenih obaveza u KM). Međutim, početni kapital od 25 miliona KM, koji je, prema Zakonu o CBBiH, trebalo da bude uplaćen u roku od mjesec dana poslije otpočinjanja njenog rada, nije bio uplaćen ni poslije godinu dana. CBBiH je, takođe, počela raditi sa veoma malim bilansom, sa ukupno 132 miliona KM, što znači da je njen dohodak bio veoma mali. Zbog svega spomenutog, tokom prve dvije godine dohodak CBBiH je bio manji nego što su bili njeni troškovi i ona je morala naći donatorska sredstva da bi se mogla potpuno uspostaviti. Ovo iskustvo pokazuje koliko je važna finansijska nezavisnost.
Kada je riječ o operativnoj nezavisnosti, nekada su se pravili kompromisi, i to obično onda kada su se tražila donatorska sredstva za otvaranje novih filijala, za povećanje broja kompjutera, za zapošljavanje potrebnog osoblja itd. Donatori su bili izuzetno darežljivi, ali su postavljali i neke uslove. Međutim, bilo je poželjnije tražiti finansijsku podršku od donatora nego tražiti sredstva od vlade, jer bi se vjerovatno desilo to da vlada postavlja uslove koji bi mogli kompromitovati nezavisnost CBBiH.
Od 1999. godine dohodak CBBiH je nadmašio njene troškove i taj trend se nastavio do danas. U periodu od nekoliko godina dobit je dodata kapitalu CBBiH, kao što je i predvidio Zakon o CBBiH, da bi se ojačao njen bilans. CBBiH je počela isplaćivati dividendu državnom budžetu u 2005. godini (na osnovu dobiti iz 2004. godine) i od tada ona svake godine isplaćuje dividendu. U 2007. godini dobit CBBiH je bila 142,6 miliona KM (više nego njen ukupni bilans u vrijeme kada je počela da radi u 1997. godini), a u aprilu 2008. godine je uplatila dividendu u državni budžet koja je iznosila 59,9 miliona KM.