a. Komisija za ljudska prava

Poseban značaj koji je dat zaštiti ljudskih prava u mirovnom sporazuma vidi se već i nakon površnog pogleda na Ustav BiH. Stoga je Aneks 6. DMS – Sporazum o ljudskim pravima – ključan. U tom sporazumu se strane obavezuju da će obezbijediti najviši nivo međunarodno priznatih ljudskih prava i osnovnih sloboda.⁴¹³ Kao oslonac za implementaciju tih obaveza i kao dopuna mehanizmima koji su predviđeni u Ustavu BiH i u aneksima DMS, osnovana je i Komisija za ljudska prava u čijem su se sastavu nalazili i međunarodni predstavnici.⁴¹⁴ Ovu komisiju ne treba miješati sa Komisijom za ljudska prava pri Ustavnom sudu BiH, koja je izrasla iz Doma za ljudska prava za Bosnu i Hercegovinu. Komisija oformljena prema Aneksu 6. DMS, koja se sastojala od ombudsmena i Doma za ljudska prava, oslanjala se na model iz Strazbura (Komisija-Sud) i zamišljena je kao jedinstvena institucija, mada se u praksi razvila u dvije podijeljene organizacijske institucije.⁴¹⁵

U prijašnjim prijedlozima za ustavna rješenja (prije Dejtona), osim ombudsmena, govorilo se i o sudu za ljudska prava (human rights court), kao posljednjoj instanci kojoj bi bili podređeni svi državni sudovi (uključujući i Ustavni sud) u oblasti ljudskih prava. Bilo je predviđeno da ovaj sud – sve dok BiH ne bude primljena u Vijeće Evrope – uglavnom čine strane sudije, a da on djeluje samo do primanja BiH u Vijeće Evrope. U Dejtonu su, međutim, obje institucije izuzete iz neposrednog ustavnog okvira i prenesene u Aneks 6. Posljedice ovog izuzimanja za Aneks 4. nisu podrobnije objašnjene – uostalom, kao i u slučaju aneksâ 3. i 7, koji su, takođe, značajni za Ustav,⁴¹⁶ što je izazvalo sukobe oko nadležnosti između organa iz različitih aneksa. Na kraju se odustalo i od karaktera suda kao posljednje instance za pitanja ljudskih prava a, umjesto toga, unesena je široko postavljena norma o nadležnosti.⁴¹⁷